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用于细胞跟踪创建的视频数据库

2019年06月25日 11:45来源:未知手机版

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马德里卡洛斯三世大学(UC3M),格雷戈里奥马拉尼翁大学医院(HGUGM)和纳瓦拉大学与其他国际机构一起开发了一个用于细胞跟踪的视频数据库,可用于确定癌症等疾病的变化。

这项研究的结果最近已在科学期刊 自然方法 (Nature Methods)中发表,该文章收集了最近三期细胞追踪挑战赛的数据。该竞赛邀请了来自世界各地的科学家参与有关细胞迁移的视频,已有来自18个国家的21个研究小组的参与。总共分析了52个92 GB的视频。有些是合成的,也就是说,它们是通过模拟细胞的软件创建的,而其他则是真实的,主要通过二维和立体显微镜获得。 除了视频之外,这个新数据库还提供了解释它们的代码,即分割算法和细胞跟踪以及以客观方式评估这些算法的工具, 该研究的一位作者解释说,

在整个个体的生命中,尤其是在胚胎发育期间,大量细胞增殖,并且如果需要,它们会分化。这些细胞必须迁移到人体的不同部位才能发挥其功能。当细胞离开原发肿瘤以产生转移并定殖其他组织时,这发生在正常过程(例如,红细胞迁移)以及其他异常过程(例如癌症)中。 研究细胞的运动和增殖,我们可以知道生物的生物如何在正常过程中以及与癌症等疾病有关的变化中起作用, 该研究的主要作者Carlos OrtizdeSol rzano解释说,纳瓦拉大学应用医学研究中心的实验室主任和模拟研究所主任。 细胞追踪也是一种非常有用的工具,可以找到它的谱系,即器官细胞的来源,这样我们就可以研究疾病的初始过程, 他补充说。

为了解细胞迁移如何改变癌症或其他疾病,或转移如何起源 通常需要以个体方式识别细胞并随时间追踪它们, ArrateMu ozBarrutia解释说。该研究发表在Nature Methods上,对于在研究中使用细胞跟踪方法的研究人员非常有用。细胞跟踪挑战中使用的所有材料都可以作为指导,帮助决策在不同情况下使用哪种算法解决方案,从而获得更有助于提高生物医学领域知识的更精确信息。 例如,我们已经证实,最有效的算法是那些使用学习技术的算法以及那些考虑到细胞寿命的整体跟踪算法, Carlos OrtizdeSol rzano指出。

据研究人员称,这种方法的应用具有无穷无尽的应用。例如,它可以应用于胚胎发育的研究,不同器官的形成机制的研究以及对不同疾病(例如癌症)的治疗的反应。 肿瘤细胞的特征之一是更大的运动性和细胞增殖。这两个方面可以基于单个细胞的描绘和随时间的跟踪以非常精确的方式量化, Mu oz-Barrutia肯定。

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